Der Koordinationsausschuss besteht aus Vertreter*innen der Gründungsinstitute (Erziehungswissenschaft, Soziologie, Psychologie, Zentrum für Qualitätssicherung und -entwicklung) und weiteren Mitgliedern. Der Koordinationsausschuss wählt ein*eine Sprecher*in, dem*der die Führung der laufenden Geschäfte obliegt sowie ein*eine stellvertretende Sprecher*in.
Aufgaben des Koordinationsausschusses umfassen u.a. die strategische Ausrichtung, die Verwaltung der zugewiesenen Mittel, die Entscheidung über die Aufnahme neuer Mitglieder und die Anträge auf Projektförderung, die Organisation regelmäßiger Versammlungen aller Mitglieder sowie die jährliche Rechenschaftsberichterstattung.